Padmyst sélection : Microbiologie et maladies infectieuses - Enjeux scientifiques

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Déchiffrement du microbiome humain

Il concerne l’ensemble des gènes des espèces bactériennes vivant en symbiose avec l’homme dans son tube digestif, mais aussi à la surface cutanée ou dans les orifices naturels. Ce métagénome (ensemble des gènes d’une niche écologique donnée) renvoie à un univers pratiquement inconnu, d’une complexité considérable et d’une dimension sans doute 100 fois supérieure à celle du génome humain. Ces communautés microbiennes, dynamiques et complexes, influencent profondément physiologie, nutrition, immunité et développement, et leurs perturbations sont un facteur significatif dans bien des maladies.

Émergence, ré-émergence et gestion des risques sanitaires

L’analyse des microbes émergents et la meilleure individualisation des pathogènes potentiels forment un enjeu important. La réactivité est essentielle pour définir rapidement les techniques de diagnostic moléculaire et/ou sérologique, compte tenu du retentissement économique et médical sur les populations. Les préoccupations de sécurité sanitaire (veille) ne doivent pas faire mésestimer les immenses besoins de recherche sur le long terme (politique vaccinale, résistance aux antibiotiques, infection à VIH et aux virus des hépatites, tuberculose multirésistante, infections nosocomiales).

Infections virales chroniques (VIH et hépatites)

La France se situe au deuxième rang mondial dans la production scientifique concernant le VIH et les hépatites. Parmi les thèmes à développer, on peut citer : l’observance des traitements et la qualité de vie des patients sous traitement au long cours ; l’évaluation des nouveaux traitements VIH ou VHC / VHB prenant en compte les effets secondaires et la qualité de vie ; l’analyse des stratégies de dépistage du VIH et des virus des hépatites chroniques ; la recherche sur de nouvelles stratégies de prévention ; la contribution à la mise au point de nouveaux outils vaccinaux ; la compréhension du réservoir viral et de la régulation virale par le système immunitaire, des mécanismes de latence virale (pré-intégration et régulation post-transcriptionnelle) ; la modélisation des récepteurs cellulaires impliqués dans l’entrée du VHC ; la recherche opérationnelle avec les pays du Sud.

Multirésistance aux anti-infectieux

La capacité des microbes à résister aux agents anti-infectieux (antibiotiques, antituberculeux, antiviraux, antimycotiques, antiparasitaires) constitue un des phénomènes majeurs de la fin du XXe siècle. Les enjeux de recherche concernent la compréhension de l’émergence et des mécanismes biologiques de la résistance ainsi que l’innovation diagnostique, thérapeutique (nouveaux anti-infectieux) ou prophylactique (vaccins). Parmi les thématiques de pointe, on compte les mécanismes moléculaires d’acquisition de résistances et la virulence des souches résistantes, tant bactériennes que virales, la compréhension des dynamiques de diffusion des pathogènes résistants, l’anticipation à court terme de leur dynamique d’émergence et diffusion dans le système de soin.

Les infections liées aux soins

Le champ de recherche sur les infections nosocomiales rejoint partiellement celui de la résistance aux anti-infectieux. Doivent aujourd’hui être considérés comme des priorités le suivi de la morbidité et de la mortalité ainsi que la performance des systèmes de surveillance ; l’évaluation des différentes stratégies de maîtrise, notamment de l’impact des techniques de diagnostic rapides ; l’évaluation des stratégies de prévention (vaccination du personnel, exclusion des soignants malades, efficacité, acceptabilité de l’utilisation des masques) pour les infections respiratoires et entériques.

Vaccination et politiques publiques

Les politiques vaccinales menées par les pouvoirs publics rencontrent de plus en plus de difficultés dans leurs mises en œuvre, comme en a témoigné la crise française de la vaccination à l’hépatite B. Alors que de nouveaux vaccins sont mis sur le marché, cette situation impose de disposer des évaluations intégrant à la fois le bénéfice épidémiologique, les éventuels effets secondaires et des considérations sociétales, notamment économiques (coût-efficacité).

Coopération avec les pays du Sud

Outre le sida et les hépatites, les initiatives françaises devraient être élargies aux autres grands « tueurs » (tuberculose, paludisme, infections évitables par vaccination). Les thématiques délaissées par l’industrie pharmaceutique pour cause de non-rentabilité forment une priorité. Cela concerne le développement de nouveaux médicaments, mais aussi la production et la distribution de médicaments efficaces dont la fabrication est abandonnée. Une attention toute particulière sur l’émergence et la diffusion des résistances aux agents infectieux apparaît également comme une urgence.