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En ce début de XXIe siècle, malgré les progrès apportés depuis 100 ans par la vaccination et la mise au point des antibiotiques, les infections n’ont pas quitté notre actualité médicale.
Les maladies infectieuses et parasitaires sont la deuxième cause de mortalité dans le monde (environ 26 % de la mortalité globale, soit 17 millions de décès par an), mais elles frappent inégalement les pays selon leur localisation géographique et leur niveau de développement. Dans les pays du Nord, après une nette amélioration durant les années 1970 liées à l’hygiène, à la prévention et aux antibiotiques, de nouveaux problèmes sont apparus au cours des vingt dernières années : diffusion mondiale de l’infection à VIH et d’autres infections virales chroniques comme l’hépatite C, infections à prion (nouvelle variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob), infections dites "émergentes" dont le SRAS et le risque de pandémie grippale, résistance aux antibiotiques et maladies nosocomiales (infections acquises lors des soins). Dans les pays en développement, l’épidémie de sida, les infections émergentes et les infections rares restent un problème majeur de santé publique.
Le monde animal est pour l'homme une source importante de maladies infectieuses : sur plus de 1 400 agents pathogènes connus, environ 60 % sont d’origine animale. Les animaux sont à l'origine de près des trois quarts des agents responsables de pathologies considérées comme émergentes ou ré-émergentes chez l'homme. On les appelle zoonoses en raison de cette origine animale. Cependant, un très petit nombre de ces agents ont montré leur capacité à causer des épidémies majeures. Durant les dix dernières années, l’introduction du virus West Nile (fièvre du Nil occidental) en 1999 aux États-Unis, l’épidémie de SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) en 2002, la diffusion de l’épizootie H5N1 (grippe aviaire) depuis 2003, l’épidémie de chikungunya à la Réunion en 2006, pour ne citer que les exemples les plus connus, ont montré le besoin de développer nos connaissances, en matière de diagnostic et de surveillance, de compréhension des mécanismes à l’origine de ces émergences, de franchissement de la barrière inter-espèces, d’innovations thérapeutiques et vaccinales.
Les infections non liées aux animaux n’en sont pas moins meurtrières : shigellose, choléra, rougeole, pathologies respiratoires virales, paludisme et bien sûr sida font des ravages, souvent dans les zones les plus défavorisées de la planète. Le risque infectieux doit être analysé en fonction de l’évolution de notre mode de vie, lié à la mondialisation et l’industrialisation : déforestation, urbanisation, modifications des pratiques agricoles, variations climatiques, mobilité accrue des hommes et des marchandises…
Les progrès de la science et de la médecine ont révélé toute la diversité du monde microbien et l’ampleur du risque infectieux. Le nombre de bactéries connues (dans l’environnement et dans nos organismes) a été multiplié par cinq dans les trois dernières décennies et l’on estime qu’il sera encore multiplié par dix dans les années qui viennent. Les proportions seront sans doute plus grandes encore pour les virus.
On a aussi découvert que les agents infectieux, en particulier viraux, sont probablement impliqués dans la genèse de plusieurs pathologies chroniques qui ne sont habituellement pas considérées comme des maladies infectieuses. Certains cancers sont par exemple liés, au moins dans leurs mécanismes initiaux, à un agent infectieux viral ou bactérien. L’exemple du papillomavirus humain (HPV) est très significatif : frappant les trois quarts des personnes sexuellement actives, il prédispose les femmes au cancer du col de l’utérus.
Enfin, les infections liées aux soins, maladies nosocomiales, touchent près de 5 % des patients hospitalisés. Elles se traduisent par des infections urinaires, des infections de la peau et des tissus mous, des infections du site opératoire et des pneumopathies. Un tiers d’entre elles pourrait être évité.
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